Il complesso delle Scuole Pie venne costruito nel tardo XVII secolo come sede dei Chierici regolari della Madre di Dio delle scuole pie, detti anche Scolopi, giunti a Brindisi il 27 gennaio 1664 con il preciso compito di occuparsi dell'educazione pubblica.
Il complesso fu ingrandito negli anni con l'acquisto di stabili attigui e l'aggiunta di quattro cappelle laterali alla chiesa impreziosita da una splendida cupola a mattonelle policrome.
Gli Scolopi iniziarono la propria attivita di istruzione primaria e secondaria il 4 febbraio del 1664 con tre classi; il numero degli alunni avrebbe raggiunto le duecento unita nel corso del '700. Oltre ai primi rudimenti della fede, i padri insegnavano a leggere e a scrivere e agli studenti piu grandi umanita e grammatica.
Vi studiarono personalita di spicco della cultura brindisina e non solo come l'arcivescovo Annibale De Leo, il cartografo Benedetto Marzolla e il naturalista Teodoro Monticelli; vi opero San Pompilio Maria Pirrotti, canonizzato nel 1890.
Sul portale della chiesa e tutt'ora presente lo stemma dei Chierici regolari della Madre di Dio delle scuole pie.
La chiesa oggi e proprieta della diocesi mentre il chiostro, di proprieta dell'amministrazione comunale, ospita botteghe artigiane, e scenario di eventi culturali e sede della Fondazione Nuovo Teatro Verdi.
